Para los más curiosos aquí os dejamos algunos apuntes interesante de protocolo, esperamos resuelvan vuestras dudas.
En relación con el uso de la bandera de España y de otras banderas y enseñas:

La Constitución Española, que constituye la norma primera o fundamental, establece, en su artículo 4.2, que las banderas y enseñas propias de las comunidades autónomas se utilizarán junto a la bandera de España en sus edificios públicos y en sus actos oficiales. Y la ley 39/1981, de 28 de octubre, por la que se regula el uso de la bandera de España y el de otras banderas y enseñas, dispone, en su artículo 3.1, que la bandera de España deberá ondear en el exterior y ocupar el lugar preferente en el interior de todos los edificios y establecimientos de la Administración central, institucional, autonómica, provincial o insular y municipal del Estado. La bandera propia de las comunidades autónomas debe de ondear juntamente con la bandera de España en todos los edificios públicos civiles del ámbito territorial de aquélla, al igual que las enseñas de los ayuntamientos o cualesquiera otras corporaciones.
La totalidad de las diecisiete comunidades autónomas y de las dos ciudades autónomas (Ceuta y Melilla) disponen de banderas propias, definidas en sus correspondientes Estatutos y desarrolladas posteriormente mediante leyes aprobadas por sus respectivos parlamentos. La bandera de las comunidades debe de ondear en los actos celebrados en su territorio junto a la española, ocupando la segunda posición de los mástiles correspondientes. Cuando las banderas autonómicas ondeen juntas lo harán de acuerdo al criterio de la fecha de publicación de sus respectivos Estatutos en el BOE, comenzando por la comunidad donde se celebre el acto y a continuación de la española.

En lo que se refiere a la bandera de la Unión Europea:

La Comisión Europea recomienda izarla en un lugar especial en los edificios públicos, fuera de la ordenación de las banderas oficiales, los días 25 de marzo (aniversario de la firma del tratado de Roma) y el 9 de mayo (Día de Europa), así como en actos de carácter europeísta. Aunque la UE da libertad a los países miembros sobre su uso, también advierte sobre el uso excesivo de ésta. La colocación en un grupo de mástiles en cualquier balcón de ayuntamiento, suponiendo cuatro mástiles sería: de izquierda a derecha desde los ojos de cualquier observador, Ayuntamiento, España, Comunidad Autónoma y Unión Europea.

Si no se trata de un acto organizado por la ONU, Unión Europea, OTAN u otro organismo internacional:

Se ordenan por orden alfabético en inglés, comenzando por la del país anfitrión.

Países miembros de la ONU:

Se sitúan por el orden alfabético de países en Ingles.

Países miembros de la Unión Europea:

Se colocan las banderas de los países miembros de acuerdo al orden alfabético de cada país en su propio idioma. El orden alfabético de cada país en su propio idioma. El orden alfabético se inicia por el país que preside en ese semestre la comunidad.

Países miembros de la OTAN:

Por el orden alfabético de los países en Francés.

Organismos internacionales:

Se colocan de acuerdo a sus propias normas internas. Si concurren con las enseñas de los estados, la práctica demuestra que la bandera de dicho organismo inicia y termina la línea de banderas de los estados y organismos que participan en dicho acto.

Bandera da la UE:

No hay lesgilacion sobre ella. La comisión europea recomienda izarla en un lugar especial, fuera de la ordenación de las banderas oficiales el día de Europa, y en actos de carácter europeísta.

Principio de cortesía:

Dada la igualdad soberana de todos los estados, las banderas de los estados que concurran juntas deberán ondear al mismo nivel y tamaño. Si el número de bandera es impar, la del estado anfitrión ondeara en el centro y la del extranjero a su derecha, siguiendo a continuación el resto de banderas.

Fuente información consultadas:

http://www.protocolo.org/

http://eventaria-blog.com/